De aanloop naar de inhoudelijke behandeling van de zaak duurde lang. Na aangiftes door verschillende particulieren en instellingen, moest het Openbaar Ministerie (OM) besluiten of ze tot vervolging over zou gaan. Het OM besloot na lang wikken en wegen dat niet te doen. De partijen die aangifte hadden gedaan, waren het daar niet mee eens en stelden een artikel 12 procedure in. Dit betekent dat men op grond van artikel 12 Wetboek van Strafvordering een klacht over het niet-overgaan tot vervolgen (het niet voor de rechter brengen door het OM) kan indienen bij het Gerechtshof.
Het Gerechtshof gaf het OM de opdracht om toch vervolging in te stellen.
De rechtszaak begon en leverde veel publiciteit op. Wilders zelf zei niets; zijn advocaat, de heer Moszkowicz, voerde het woord. Ook enkele partijen die zich door de uitspraken van de heer Wilders benadeeld voelden, deden dat.
Met succes werden de rechters op een gegeven moment gewraakt. Dit hield in dat nieuwe rechters aangesteld moesten worden en de inhoudelijke behandeling van de zaak moest geheel over.
Gedurende de “tweede” zaak ging het enige tijd over een etentje van een aantal heren waarbij een getuige die door Wilders was aangedragen, aanwezig was. Nadat de rechters zich hierover hadden uitgesproken, kon de zaak waarin de uitspraken van Wilders aan de orde kwamen, weer doorgaan.
Het Openbaar Ministerie eiste op alle tenlaste gelegde punten vrijspraak, met een uitgebreide motivatie. Het OM was van mening dat de uitspraken van Wilders niet aanzetten tot discriminatie, geen haat zaaiden en geen groepsbelediging inhielden.
Moszkowicz vond dat er eigenlijk helemaal geen rechtszaak had moeten plaatsvinden en Wilders zei in een slotwoord dat hij zich beriep op de vrijheid van meningsuiting en dat die gewaarborgd moet worden. Hij zei dat hij zich ook in de toekomst zal blijven uitspreken over de bedreiging van Nederland door de islam. Hij zei onder meer: “Zwijgen is verraad. Daarom sprak ik, spreek ik en zal ik blijven spreken.”
De rechter heeft zijn oordeel geveld en uitgesproken: vrijspraak op alle punten. De uitspraken waarvoor hij werd aangeklaagd zijn volgens de rechter allemaal gericht op de godsdienst (islam), en niet op de mensen (moslims). Kritiek op een geloof moet kunnen. In ogenschouw moet worden genomen dat de uitspraken in de context van het maatschappelijk debat zijn gedaan. Wilders is nergens over de grens gegaan, hoewel zijn uitlatingen soms wel kwetsend waren en op de grens van het toelaatbare, aldus de rechter.